Trường THPT Chuyên Lào Cai được thành lập ngày 14/07/2003. Khi mới thành lập, trường hoạt động tại phố Vạn Hoa, phường Kim Tân, thành phố Lào Cai, tỉnh Lào Cai với 28 cán bộ, giáo viên, nhân viên và 11 lớp học (có các khối chuyên Văn, Toán, Lý, Hóa, Anh). Từ năm học 2008- 2009, trường chuyển về cơ sở mới tại đường M9, phường Bắc Cường, thành phố Lào Cai. Năm 2017 nhà trường đã có 83 cán bộ, giáo viên, nhân viên với 8 tổ chuyên môn; trong đó có 01 nhà giáo ưu tú, 29 thạc sĩ, 39 đảng viên. Trường THPT Chuyên Lào Cai không ngừng nâng cao chất lượng đội ngũ giáo viên, phát huy tinh thần “mỗi thầy cô giáo là một tấm gương tự học, sáng tạo”. Trong những năm qua có 06 thầy cô giáo được vinh dự nhận bằng khen của Thủ tướng Chính phủ, 13 bằng khen của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo, 51 bằng khen của Chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai. Nhiều thầy cô giáo có chuyên môn vững vàng, là giáo viên cốt cán của ngành giáo dục tỉnh Lào Cai.
Năm học 2023-2024, kỉ niệm 20 năm thành lập trường, nhà trường vinh dự được đón nhận Huân chương Lao động hạng Ba của Chủ tịch nước và đón nhận Bằng công nhận trường chuẩn mức độ II.
Năm học 2004-2005, nhà trường có 10 khối chuyên: Toán, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Ngữ văn, Tiếng Anh, Tiếng Trung, Lịch Sử, Địa lý, Tin học.
Học sinh trường THPT Chuyên Lào Cai còn được rèn luyện phát triển toàn diện về Đức, Trí, Thể, Mĩ, nhờ đó các em đã đạt nhiều thành tích đáng ghi nhận ở các hội thi văn nghệ, thể thao dành cho học sinh trung học, các cuộc thi do Đoàn TNCS Hồ Chí Minh phát động, khẳng định được vị thế của trường trong khối các trường Chuyên của khu vực và cả nước. Trong 2 kì Hội khỏe phù đổng liên tiếp năm 2020, 2023, đoàn vận động viên nhà trường xuất sắc giành vị trí Nhất toàn đờn.
Trường THPT Chuyên Lào Cai luôn chú trọng hợp tác, giao lưu với các trường THPT chuyên trong cả nước và một số trường học ở Trung Quốc, Singapore.
Với những thành tích đã đạt được trong suốt thời gian qua, nhà trường luôn quyết tâm phấn đấu để phát huy truyền thống, nâng cao chất lượng giáo dục mũi nhọn và giáo dục toàn diện, khẳng định uy tín và nâng cao vị thế của nhà trường trong hệ thống các trường THPT Chuyên toàn quốc.